農業の簡易課税における2種と3種の違いと、間違えやすいポイント

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2026.06.11
農業の簡易課税における2種と3種の違いと、間違えやすいポイント

自分で育てたさつまいもを干し芋に加工して売る。

これは農業なのか、製造業なのか。

消費税の簡易課税をめぐって、実際にそこが争われた事例がありました。

「自分で作っているのだから農業だろう」という感覚は自然ですが、実務ではこの思い込みが落とし穴になります。

この事例をきっかけに、どこで誤解が起きやすいのかを整理します。

農業の簡易課税で2種と3種の違いはどこにあるか

農産物をそのまま売れば第二種、加工して売れば第三種(製造業)になるのが基本の分かれ方です。

簡易課税は、業種ごとに「みなし仕入率」という割合を決めています。

実際の仕入れを集計しなくても、売上にこの率をかけて控除額を計算できる仕組みです。

つまり、この率が低い方が引ける分が少なくなるので単純比較すると納税額は増えるという見方にもなります。

自分で育てた芋をそのまま売れば第二種で80%、加工して製造業となる第三種は70%です。

今回の事例では、自家栽培のさつまいもを干し芋に加工して売っていた方が、「これは農業だ」と考えていたと思われます。

ところが判定は製造業=第三種。

同じ自分の芋でも、加工という工程が入ることで区分が変わると判断されました。

つまり、農業の簡易課税で2種と3種の違いは、加工の実態があるかどうか。

そして厄介なのは、その線引きが、私たちの「イメージ」とずれることがある。という点でしょうか。

なぜ自家栽培でも製造業と判定されたのか

自分で育てたものを加工していても、加工の体制が整っていれば製造業に分類されます。

判断のもとになるのは「日本標準産業分類」という分類です。

自分で育てた作物を主に使って、加工するというだけでは農業のままとする余地もあります。

ただし例外があり、二つの要件がそろうと製造業に移ります。

一つは、同じ敷地内に工場や作業所とみられるものがあること。

もう一つは、その製造活動に専従する常用の従業者がいることです。

今回の元にしている判例では自宅敷地内の建物に加工用の機械が置かれ、作業所として機能していたこと。

そして加工の時期に人を雇い、その作業に従事させていたこと。

この実態から、農業ではなく製造業と判断されました。

店先でちょっと干した程度は別の考え方

今の話は工場や作業所と専従者がそろった、本格的な加工の体制を前提にしています。

この体制があれば、原料が自家栽培でも仕入れたものでも、製造業として扱われます。

一方で、たとえば小売店が店先で芋を少し干して売る、といった軽い加工は、製造とまではいえず、小売(第二種)のままと考える余地があります。

切る、刻む、乾かすといった程度の軽微な加工は、性質を大きく変えないとみなされるためです。(正直、乾かすのは結構性質が変わる気もするのですが、制度上は変えないとされています)

ただし、焼く・煮るといった加熱が入ると、話は変わってきます。

要するに、製造の体制があるかどうかが大きな分かれ目で、店先の軽い加工はその手前の話、というイメージです。

それって言い方次第じゃない?と思われるかもしれませんが、もしイメージで考えるなら「本腰入れて加工しているかどうか」というものさしが合いそうです。

なので、同じ干し芋でも小売店が仕入れた芋を店先で干して売った場合は2種のままと考えられます。

なぜ製造業のほうがみなし仕入率が低いのか

なぜ加工して製造業になると、率が80%から70%へ下がるのでしょうか。

みなし仕入率は、売上に対して消費税のかかる仕入れ(原価)がどれくらいの割合か、を業種ごとにならした数字です。

ここで大事なのは、加工という工程には人件費がかかること。

そして人件費には消費税がかからないので、この「原価の割合」には入りません。

つまり、加工して売る商売は、売上のうち消費税のかかる原価(芋や光熱費など)が占める割合が、そのまま売るより小さくなりがちです。

手間=人件費の部分が、課税の原価としてはカウントされないからです。

だから製造業は小売業より「消費税の対象となる原価が少ない商売」とみなされ、率が低く設定されている。

これが基本的な構造です。

不動産関係が一番低い40%なのも、同じ理屈です。

賃貸にしろ仲介にしろ、人件費以外に消費税のかかる原価が少ないので、率も低いです。(以前は50%でしたが、平成27年に40%へ改正されました)

では、率が下がるので、損なのでしょうか。

ここはもう少し見てみると、単純にそうとも言えません。

例えば芋をそのまま100円で売ると、第二種としてみなし仕入率80%で、引ける金額は80円。

製造業として加工して200円で売ると、第三種として率は70%ですが、引ける金額は200円×70%=140円になります。

率は下がったのに、引ける金額はむしろ増えている。

理由は、加工で売価そのものが上がるからです。

率は下がる方向にはたらきますが、それ以上に売価が大きくなるので、差し引きでは引ける金額が増える。

加工のために要した原価の分が、こうして考慮されているとも言えます。

率の数字だけを見ると損したように感じますが、それは売価が同じであるという前提条件の下であって、構造を追っていくと、意外と実態をならした作りになっていたりもします。

いちばん危ないのはイメージで決めること

自分の手で育てて、自分で加工しているのだから農業。

この感覚はとても自然だと思います。

種をまいて、世話をして、加工して売る。

気持ちのうえでは最初から最後まで農業ですよね。

その実感はよく分かりますし、2種だと思ってしまうのも無理はないと思います。

ただ、そこで区分を取り違えると、みなし仕入率がずれて、納める税額も変わってきてしまう。

気持ちは気持ちとして、制度のほうは加工の実態を見て判断する、という点は注意ですね。

迷ったときは、さっきの「本腰を入れて加工しているか」を思い出してもらえれば、だいたいの見当はつくと思います。

そして大前提として、ここまでは簡易課税を選んでいる場合の話です。

そうでなければ、気にしなくて大丈夫です。

加工して売る段階に入ったら、自分の事業は農業のままなのか、それとも製造業にあたるのか。

一度立ち止まって確かめる。業種をイメージだけで決めない。

それだけで防げる誤解だと思います。


プロフィール(東盛 学/税理士)

岐阜市の動物好きな税理士。

法人・個人事業主どちらも対応し、規模にかかわらず一人ひとりと向き合うことを大切にしています。

顧問先のハッピーライフを会計・税務から支えます。

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